이월결손금 과다신고분에 대한 수정신고와 중소기업특별세액감면

 

당초 신고 또는 경정청구기한내에 중소제조업특별세액감면을 신청하지 아니하였다고 하더라도 중소제조업특별세액감면의 요건을 갖추었다면 이를 적용하여야 함

 

귀 질의의 경우, 붙임의 관련 법령 및 유사한 사항에 대한 재정경제부의 기 질의회신문(재조세46070-61998.01.08.외 1)의 내용을 참고하시기 바랍니다.

 

[ 관련법령 ] 구 조세감면규제법 제7조 【중소제조업등에 대한 특별세액감면】

 

1. 질의내용 요약

 

질의회사는 2000년 귀속분 이월결손금신고를 과다하게 신고하였음

2004년 7월에 이르러 상기 이월결손금과다신고분을 확인하였음

질의회사는 상기 이월결손금과다신고분에 대한 감액신고를 하게 되면 중소기업특별세액감면 적용대상이 된다는 사실을 확인하였음

이러한 경우 이월결손금과다신고분에 대한 수정신고는 가능하나 중소기업특별세액감면에 대하여는 경정청구 할 수 있는 것인 지 여부

 

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

 

○ 구 조세감면규제법 제7조【중소제조업등에 대한 특별세액감면】

 

① 제조업부가통신업연구 및 개발업방송업엔지니어링사업정보처리 및 컴퓨터운용관련업 또는 물류산업을 영위하는 중소기업에 대하여는 당해 사업 에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 20에 상당하는 세액을 감면한다. (1996. 12. 30 개정)

② 삭 제 (1996. 12. 30)

③ 제1항의 규정의 적용을 받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 그 감면신청을 하여야 한다.

 

○ 국세기본법 제45조의 2【경정등의 청구】

 

① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한 경과후 2년 이내에 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세 표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무 서장에게 청구할 수 있다. (2003. 12. 30. 개정)

 

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때 (1994. 12. 22 신설)

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때 (1994. 12. 22 신설)

 

 

 

 

2. 질의내용에 대한 자료

나. 유사사례 (판례, 심판례, 심사례, 예규)

 

○ 재조세46070-6(1998.01.08)

 

【질의】

당사는 중소제조업을 영위하는 법인으로서, 1994사업연도(1994. 1. 1～1994. 12. 31) 법인세 신고시 이월결손금으로 인하여 실제로 감면을 받지 못할 형편이었으나 조세 감면규제법 제121조의 규정에 의거 이월공제를 받을 목적으로 중소투자세액공제와 임시투자세액공제(이하 ' 세액공제' 라 칭함) 신청서를 제출하였음. 이러한 상황에서 1996사업연도(1996. 1. 1～1996. 12. 31)에 당기순이익이 발생하여 과거연도에 투자세액공제를 받은 바가 없기 때문에 기왕에 신청하였던 세액공제와 중소제조업특별세액감면을 비교하여 효과가 큰 중소제조업특별세액감면을 신청을 하였음

이러한 경우, 조세감면규제법(법률 제4806호로 개정되기 전의 것) 제7조 본문 단서, ' 중소제조업 특별세액감면 중복적용 배제규정' 즉, ' 다만, 1994년 1월 1일 이후 최초로 개시하는 과세연도 및 그 이후의 각 사업연도에 있어서 다음 각 호의 감면을 적용받거나 적용받은 사실이 있는 경우에는 그러하지 아니한다' 의 규정의 해석에 있어 실제 감면을 받은 경우가 없이 단순히 신고서 제출행위가 위의 ' 감면을 적용 받은 사실이 있는 경우' 에 포함되는 지에 대하여 의문점이 있어 질의함

 

〈갑설〉이 경우 ' 중소제조업 특별세액감면 중복적용 배제' 규정이 적용됨

（이유）세액공제의 적용시기 판단은 실제 감면여부에 불구하고 세액공제 신청 서를 제출한 사업연도를 기준으로 하는 것이기 때문에, 세액공제 신청서를 제출 한 사업연도에 세액공제를 적용받은 것으로 봄

 

〈을설〉이 경우 ' 중소제조업 특별세액감면 중복적용 배제' 규정이 적용되지 않음

（이유） 첫째, 감면을 적용받은 사실이 있는 경우라 함은 실제 감면을 받은 경 우를 의미하므로 1994년도에는 세액공제신청서를 제출했지만 실제로 세액공제 를 적용하여 산출세액에서 차감하여 신고하지 않았으므로 감면을 적용받은 사 실이 있는 경우에 해당되지 않음

 

 

 

 

2. 질의내용에 대한 자료

나. 유사사례 (판례, 심판례, 심사례, 예규)

 

둘째, 조세감면규제법 제123조에 의하여 세액공제의 필수적 요건이 되는 기업합리화 적립금을 적립할 때, 세액공제신청서 제출시기를 기준으로 하는 것이 아니고 실제로 세액감면 등을 받을 때 적립하는 것이므로 실제로 법인세 감면 등을 받지 않은 경우 에는 ' 중소제조업 특별세액감면 중복적용 배제' 규정에 해당되지 않음

 

(질의자 의견) 을설이 타당하다고 봄

(이유） 조세감면규제법 제118조(최저한세) 제1항의 내용 중 ' 다음 각 호에 규정된 감면 등을 적용받은 후' 에서는 실제 감면 등을 받은 것을 기준으로 최저 한세 규정을 적용하는 것이 명백함으로, 중소제조업 특별세액감면상의 감면을 적용받은 사실이 있는 경우에서도 동일하게 실제 감면을 기준으로 판단 하는 것이 논리적이며, 신청시점을 적용받은 것으로 판단한다면 이 또한 동일한 조세감면규제법에서 적용의 개념을 법조문에 따라 임의적으로 상이 하게 해석하는 것이 되므로 납세의무자의 법적안정성을 크게 해치게 될 것임

 

결손발생시 어려움을 극복하기 위하여 투자세액공제대상 사업용 자산에 투자하는 경우에는 당연히 과세표준금액이 발생하지 않아 중소제조업특별감면을 받을 여지가 없는 상태에서 기업에서는 또한 가까운 미래의 이익을 예측하기 어려워 조세감면규제법 제121조의 규정에 의거 이월공제가 허용된 사업용 고정자산에 관한 투자세액공제를 신청하는 것이 기업으로서는 유일한 선택임을 고려할 때 세액공제 신청시기를 감면을 적용받은 사실이 있는 경우로 해석하는 것은 기업의 현실을 무시하고 너무 엄격한 문언적 해석으로 판단됨

 

그리고 중소제조업 특별세액감면의 입법취지는 경제적으로 어려움을 겪고 있는 중소 제조업을 감안하여 법인세를 감면해 줌으로써 기술인력개발 및 설비투자 등이 원활히 이루어질 수 있도록 하기 위함이고, ' 중소제조업 특별세액감면 중복적용 배제' 규정의 입법취지는 과도한 세액감면을 방지하기 위함이 입법취지임에 비추어, 위의 경우와 같이 실제로 세액공제를 받은 사실이 없는 경우에도 감면을 적용받은 사실이 있는 경우로 해석하는 것은 중소제조업 특별감면의 입법취지와 중복적용배제의 입법취지와 배치되는 것으로 판단됨

 

 

 

 

2. 질의내용에 대한 자료

나. 유사사례 (판례, 심판례, 심사례, 예규)

 

또한 이런 논란을 없애고 전체적으로 최저한세규정을 적용하여 전체적으로 과도한 감면 등을 규제하는 하는 방향으로 1996년 12월 31일 법률 제5195호에 의거 단서배제규정인 ' 중소제조업 특별세액감면 중복적용 배제규정' 이 삭제됨으로써 중복적용이 가능하게 되었음. 따라서 실제로 세액감면된 시점을 기점으로 하여 최저한세규정이 적용되는 것을 볼 때 중소제조업특별감면의 단서조항도 실제로 세액감면을 받은 시점을 세법상 적용시기로 판단하여야 한다고 보임

 

또한 재경원 국조 46017-66, 1996. 4. 17에 의하면 [외자도입법 제14조의 법인세 등의 감면대상에 해당하여 재정경제원장관의 감면결정통지를 받은 법인이 실제 외자도입법 제14조에서 규정하는 조세감면을 받지 아니한 경우에는 조세감면규제법 제117조 제5항에서 규정하는 ' 외자도입법에 의하여 소득세법 또는 법인세를 감면하는 경우' 에 해당되지 않으므로 조세감면규제법 제 25조에 해당하는 세액공제를 전액 받을 수 있습니다]라고 하여 법적용에 있어서 감면의 신청 또는 감면결정 통지가 감면의 적용이 이미 이루어진 것이 아니고 실제감면의 행위가 존재하여야 감면의 충분조건을 만족시켜 비로서 감면이 적용되었다고 명백히 선언하고 있음

 

따라서 비록 감면신청을 하였으나 실제 감면을 받지 않은 경우에는 기존의 감면의 신청 또는 감면경정통지에 관계없이 납세자의 선택에 의하여 유리한 세법적용을 할 수 있다는 해석으로 중소제조업 특별세액감면의 단서조항도 동일한 취지로 해석되어야 한다고 판단됨

 

즉, 세액공제를 신청하였으나 해당 연도에 과세소득이 없어 이월공제가 되는 경우에는 실제 세액공제를 받지 않은 경우이므로 감면을 적용받은 사실이 있는 경우에 해당되지 않아 1996년도에 이월된 세액공제와 중소제조업 특별세액감면을 비교하여 효과가 큰 중소제조업 특별세액감면을 선택(이때 이월공제 된 세액공제는 세액공제액의 이월공제의 적용조건 중 납부할 세액이 없는 경우에 해당되지 않으므로 이월공제 되지 않고 소멸될 것으로 판단됨)하는 것은 타당한 법적용으로 재경원 국조 46017-66, 1996. 4. 17의 법적용의 해석취지와도 일치할 것임

 

 

 

 

2. 질의내용에 대한 자료

나. 유사사례 (판례, 심판례, 심사례, 예규)

 

따라서 1994년과 1995년에 과세소득이 없어 세액공제가 1996년으로 이월되는 경우 1996년도 이전에는 감면을 적용받은 사실이 없으므로 1996년에 공제대상이 된 세액 공제와 중소제조업 특별세액감면을 비교하여 감면효과가 큰 중소제조업특별세액감면을 적용하는 것은 타당한 법적용이라고 판단됨

 

【회신】

중소제조업을 영위하는 내국법인이 1994 사업연도에 조세감면규제법 제5조 및 제27조의 규정에 의한 중소기업투자세액공제 또는 임시투자세액공제신청서를 제출하였으나 1996 사업연도 과세표준신고시까지 실제로 동 세액공제를 받지 아니하고 조세감면규제법(1996. 12. 30 개정전) 제7조 제1항 각호의 규정에 의한 다른 감면을 받지 아니한 경우에는 동법 동조 제1항 본문 단서의 ' 감면을 적용받거나 적용받은 사실이 있는 경우' 에 해당하지 아니하여 동조 동항의 규정에 의한 중소제조업 등에 대한 특별세액감면을 적용받을 수 있음

 

 

○ 심사법인2002-197(2003.12.22)

 

불복청구 절차를 통하여 감면요청을 하는 경우에는 이를 심리할 수 있으며, 기업합리화적립금의 적립은 세액감면을 받기 위한 선행요건이 아니라, 사후 절차에 불과한 것이 므로, 감면받은 법인은 경정된 사업연도에 기업합리화적립금을 적립하면 되는 것임

 

【판결문 중 관련사항 발췌】

4. 심리 및 판단

가. 쟁 점

(1) 청구법인이 당초 신고 또는 경정청구기한까지도 신청하지 아니한 중소제조업특별 세액감면을 경정시 이를 적용할 수 있는지 여부

 

 

 

 

 

 

2. 질의내용에 대한 자료

나. 유사사례 (판례, 심판례, 심사례, 예규)

 

(나) 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 구 조세감면규제법상 중소기업투자세액공제금액으로 1996사업연도에 3,738,450원, 1997사업연도에 30,796,931원을 산출세액에서 각각 공제하여 신고한 사실이 있으며, 처분청은 이 건 경정처분시 동 세액공제액은 구 조세감면규제법 제47조의 ' 수도권 안의 투자에 대한 조세감면배제' 규정에 해당한다 하여, 청구법인이 공제받은 중소기업투자세액공제액을 부인하고 다른 적출사항을 포함하여 이 건 법인세를 경정고지하였는 바, 중소기업투자세액공제 배제에 대하여는 처분청과 청구인 사이에 다툼은 없다

 

(2) 청구법인은 1996사업연도 및 1997사업연도에 대한 법인세 신고시 또는 경정청구 기한 내에 이 건 쟁점사항인 중소제조업특별세액 감면신청을 한 사실은 없다

 

(3) 다만, 청구법인은 중소제조업특별세액감면은 감면신청서를 제출하지 않아도 당연 감면사항에 해당하므로 이 건 경정시 이를 적용하여야 한다고 주장하는 반면에, 처분청은, 중소제조업특별세액 감면은 감면신청서를 제출하지 않더라도 당연히 감면되는 것이라고 하더라도, 최소한 경정청구기한까지는 감면신청을 하여야 하는데도 청구법인은 법적 경정청구기한까지도 중소제조업특별세액감면신청을 하지 않았으므로 적법한 경정청구에 의한 것이 아닌 이 건 경정시 청구법인이 신청하지 아니한 감면을 적용할 수는 없다는 주장이다

 

(4) 판단컨대, 청구법인이 최소한 경정청구기한까지는 중소제조업특별세액 감면신청을 하여야 한다고 하더라도, 중소제조업특별세액 감면은 법인이 감면신청서를 제출 하지 않더라도 당연히 감면되는 사항이고, 청구법인이 불복청구기한 내에 심사청구를 하였으므로 경정청구기한의 경과에 불구하고, 1996사업연도 및 1997사업연도 법인세 경정처분에 대한 심리가 가능한 것으로 판단(같은 뜻, 국심99중2496, 2000.6.22) 되므로,

 

청구법인이 당초 신고 또는 경정청구기한 내에 중소제조업특별세액감면을 신청하지 아니하였다고 하더라도, 청구법인이 구 조세감면규제법 제7조에서 규정하는 중소제조업특별세액감면의 요건을 갖추었다면 이를 적용하여야 한다고 판단된다